اعمال حاکمیت دولت در سواحل و بنادر به منظور فراهم ساختن تسهیلات لازم در جهت گسترش امور تجارت دریایى و ارتباطات ساحلى و همچنین وصول حقوق و عوارض متداول، قسمتى از وظایف سازمان بنادر و دریانوردی را تشکیل می دهد که سابقه تنظیم تاريخى آن به ۱۲ ذیحجه سال ۱۲۲۹ برابر با ۲۵ نوامبر ۱۸۱۴ میلادى باز می گردد.

در آن سالها در بندر بوشهر اداره‏ اى به‏ عنوان "شعبه گمرکات جنوب" تاسیس گردید. این اداره وظیفه داشت ضمن مراقبت از سواحل ایران از ورود و صدور کالاهاى قاچاق از راههاى دریایى جنوب نیز جلوگیرى نماید و در حقیقت وظایف امور بندرى و دریایى را شعبه گمرکات جنوب برعهده داشت.

در تاریخ ششم بهمن ماه ۱۳۰۶ شمسی، تاسیسات وتجهیزات اداره بندرانزلی در شمال کشور از دولت روسیه تحویل واداره امور آن به مامورین ایرانى سپرده شد و نیز راه آهن سراسری ایران، بندر ترکمن را از کنار دریای خزر به بندر امام خمینی(ره) در کرانه خلیج فارس متصل ساخت.

از سال ۱۳۰۷ پس از افتتاح راه شوسه تهران-خرمشهر، بندر خرمشهر در جنوب کشور اهمیت فراوان پیدا کرد و امر تجارت دریایى آن رونق یافت و به‏منظور اداره امور بنادر کشور «اداره کل بنادر» در روز ۱۵ بهمن ماه ۱۳۱۴ در تهران تأسیس گردید و کلیه امور بنادر ایران در آن متمرکز شد. در این زمان ضمن ایجاد بندر جدیدى در نوشهر نسبت به توسعه و تکمیل باراندازهاى بندر خرمشهر و همچنین ایجاد تأسیسات بندرى لازم در سایر بنادر شمال و جنوب کشور اقدام گردید.

درتاریخ ۲۴ دیماه ۱۳۱۷هیات وزیران آئین نامه بندری ایران را که از طرف وزارت راه تهیه و پیشنهاد گردیده بود تصویب ومقرر گردید در بنادری که وزارت راه نماینده ندارد اداره کل گمرک به نمایندگی از طرف وزارت مذکور مجری آئین نامه مورد بحث باشد.

درچهارم شهریور ماه ۱۳۲۵ طبق تصویب هیات وزیران مقرر گردید که درآمد حاصل از بهره برداری بنادر جهت توسعه تاسیسات بندری در حساب مخصوصی منظور گردد. در سال ۱۳۲۸ بنگاه کل بنادر و کشتیرانی بجای اداره کل بنادر در وزارت راه تشکیل گردید. در تاریخ هفتم خرداد ماه ۱۳۳۱ آئین نامه ثبت و بهره برداری شناورها مشتمل بر ۱۸ ماده به تصویب هیات وزیران رسید و براساس آن مقرر گردید که استفاده از شناورها در آبهای داخلی و ساحلی ایران موکول به ثبت آنها و اخذ گواهینامه مربوطه در یکی از بنادر ایران باشد. در سال ۱۳۳۸ براساس توافق دو وزارت راه و گمرکات وانحصارات، بنگاه کل بنادر و کشتیرانی از وزارت راه به وزارت گمرکات و انحصارات منتقل گردید.

در چهارم خرداد ماه ۱۳۳۹ بنگاه کل بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و کشتیرانی تبدیل و بر مسئولیت و اختیارات آن افزوده گردید. براساس آن، اعمال حاکمیت در آبهای ساحلی و تولیت کلیه امور بندری و دریایی کشور و اجرای مقررات بندری و کشتیرانی ساحلی و مراقبت در توسعه کشتیرانی بازرگانی و وصول حقوق و عوارض بندری و ثبت شناورهای تابع کشور بعهده آن گذاشته شد. در همین سال اداره کل بندر خرمشهر که مستقلا انجام وظیفه می نمود تابع سازمان بنادر و کشتیرانی گردید.

این سازمان دردهم خرداد ماه ۱۳۴۰ به وزارت بازرگانی منتقل و در تاریخ بیستم اسفند ماه ۱۳۴۱ پس از تشکیل وزارت اقتصادی تابع این وزارتخانه شد.

در ۲۹ شهریور ماه ۱۳۴۳ قانون دریایی ایران که در ۱۹۴ماده تنظیم گردیده بود به مورد اجرا گذارده شد و از دوازدهم تیرماه ۱۳۴۵ سازمان بنادر و کشتیرانی فعلی بر طبق قانون با کلیه کارکنان و بودجه و اموال از وزارت اقتصاد منتزع و تابع وزارت دارایی گردید. براساس قانون اختیارات مالی و استخدامی و تشکیل بنادر و گمرکات، ازتاریخ ۱۹ تیرماه ۱۳۴۸ سازمان بنادر و کشتیرانی از شمول مقررات قانون محاسبات عمومی و قانون استخدام کشوری و آئین نامه معاملات دولتی خارج شد و برای حفاظت انبارها، کالاها، ساختمانها و همچنین انجام اجرائیات و امور انتظامی و حفاظتی در اسکله ها و باراندازها، سازمانی بنام بنادر و گمرکات در وزارت دارایی پیش بینی گردید.

به استناد ماده دوم قانون اختیارات و آئین نامه دیگری که به تصویب کمیسیونهای دارایی و استخدامی مجلسین رسید، از تاریخ ۱۳ بهمن ماه ۱۳۴۸ سازمان شخصیت حقوقی پیدا نمود و وظایف و اختیارات، ارکان و تشکیلات آن اعلام گردید.

آئین نامه های معاملات مالی در تاریخ ۲۴ خرداد ماه ۱۳۴۹ و آئین نامه استخدامی سازمان بنادر و کشتیرانی در تاریخ ۶ مرداد ۱۳۴۹ مورد تصویب شورای عالی سازمان قرارگرفت و این سازمان در سال ۱۳۵۳ مجددا از وزارت دارایی منتزع و به وزارت راه وترابری انتقال یافت. به موجب مصوبه مورخ ۱۳۸۷/۲/۱۰ مجلس شورای اسلامی و تایید شورای نگهبان که طی نامه شماره ۷۹/۱۲۲۲۳ مورخ ۱۳۸۷/۰۲/۲۹ به مجلس شورای اسلامی واصل گردید. نام سازمان بنادر و کشتیرانی به سازمان بنادر و دریانوردی تغییر یافت و کلیه قوانین و مقررات حاکم بر سازمان بنادر و کشتیرانی عیناً در سازمان بنادر و دریانوردی حاکم و جاری گردید.